Table 1 Most frequent non-synonymous mutations found in the 150,090 global SARS-CoV-2 whole genome sequences

S

614

D

V:G:S:N

1:131490:2:10

0.877

0.975

0.940

0.866

0.890

0.866

0.868

0.883

nsp12

314

N

H:F:L:S

2:114:131053:1

0.876

0.973

0.938

0.863

0.887

0.876

0.865

0.881

N

203

R

G:K:M:I:S

9:57773:73:1:37

0.388

0.426

0.394

0.374

0.316

0.393

0.440

0.380

N

204

G

R:V:L:Q:T

57,327:5:319:4:1

0.385

0.424

0.393

0.373

0.312

0.392

0.439

0.379

orf3a

57

Q

K:Y:R:H:L

1:6:6:35047:2

0.234

0.267

0.227

0.236

0.210

0.193

0.199

0.248

nsp2

85

T

V:I

1:25913

0.173

0.195

0.156

0.180

0.160

0.090

0.153

0.180

nsp6

37

L

F

11,992

0.080

0.087

0.112

0.079

0.061

0.082

0.073

0.079

nsp2

120

I

V:F:M

7:11996:1

0.080

0.094

0.061

0.082

0.059

0.054

0.059

0.083

S

222

A

T:V:P:I:S:F

4:11819:2:1:12:1

0.079

0.099

0.148

0.057

0.177

0.135

0.026

0.085

orf10

30

V

A:I:L

2:2:11619

0.078

0.097

0.146

0.056

0.176

0.132

0.025

0.084

N

220

A

V:T

11,555:5

0.077

0.097

0.146

0.056

0.176

0.131

0.025

0.083

S

477

S

T:R:G:I:N:K

1:19:2:59:9811:1

0.067

0.077

0.044

0.070

0.048

0.045

0.043

0.068

N

194

S

A:L:P:T

30:6441:2:1

0.043

0.052

0.043

0.035

0.031

0.053

0.038

0.049

orf8

84

L

F:C:S:V

1:1:6338:1

0.042

0.046

0.053

0.043

0.049

0.040

0.048

0.042

orf8

24

S

L

6151

0.041

0.053

0.033

0.036

0.034

0.009

0.022

0.048

S

18

L

F:I

5888:1

0.040

0.048

0.071

0.030

0.106

0.059

0.017

0.041

nsp5

15

G

S:D

5433:5

0.036

0.039

0.035

0.036

0.022

0.038

0.044

0.036

orf3a

251

G

V:S:D:C

5252:31:4:6

0.035

0.035

0.063

0.037

0.031

0.040

0.034

0.030

nsp13

541

Y

C

2606

0.017

0.019

0.032

0.017

0.018

0.021

0.019

0.017

nsp13

504

P

L:H:S

2535:1:111

0.017

0.020

0.032

0.017

0.018

0.022

0.021

0.017